￥（半角円マーク）が＼（バックスラッシュ）で表示されてしまいます。

CSSでfont-familyプロパティをVerdanaやsans-serifなどに設定していることが主な原因です。
 

￥（半角円マーク）は、フォントによっては＼（半角バックスラッシュ）に変換されます。
※この記事内では全角で円マークとバックスラッシュを記述しています。

そのため、￥（半角円マーク）を使用する部分の
font-familyプロパティや、全体に適応されるbodyタグのfont-familyプロパティには注意してください。

もし、Verdanaやsans-serifなどが指定されていた場合は、
MSゴシックなどを指定して回避することができます。

なおfutureshopがご用意しているテンプレートでは、下記の通りフォントを指定しています。

font-familyプロパティの値は先に記述した方が優先順位が高いので、
半角円マークには通常はMS Pゴシックやヒラギノ角ゴなどが適応されます。

futureshopで設定しているCSSの例

コマースクリエイター未利用店舗様

ファイル名：system_DesignSettings.css

/*　=================================================================
　▼テンプレートデザイン▼ 　ヘッダエリア、左メニュー、右メニュー、フッタエリアの設定
=================================================================　*/
body{
　font: x-small;
　font-family: "ＭＳ Ｐゴシック", Osaka, "ヒラギノ角ゴ Pro W3", "メイリオ","Verdana", "Times New Roman", Times, serif;
　font-size: small;
}

コマースクリエイター利用店舗様

ファイル名：fs_style.css

body {
  background: #ffffff;
  color: #3c3c3c;
  font-family: 'Hiragino Kaku Gothic ProN', 'ヒラギノ角ゴ ProN W3', Meiryo, メイリオ, Osaka, 'MS PGothic', arial, helvetica, sans-serif;
  font-size: 1.4rem;
  font-weight: 300;
  line-height: 1.5;
  word-wrap: break-word;
  overflow-wrap: break-word;
}